一、神農本草三卷，三百六十種，分上、中、下三品。梁陶弘景增藥一倍，隨品附入。唐、宋重修，各有增附，或並或退，品目雖存，舊額淆混，義意俱失。今通列一十六部爲綱，六十類爲目，各以類從。三品書名，俱注各藥之下，一覽可知，免尋索也。

一、舊本玉、石、水、土混同，諸蟲、鱗、介不別，或蟲入木部，或木入草部。今各列󿀁部，首以水、火，次之以土，水、火󿀁萬物之先，土󿀁萬物母󿀌。次之以金、石，從土󿀌。次之以草、谷、菜、果、木，從微至巨󿀌。次之以服、器，從草、木󿀌。次之以蟲、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴󿀌。

一、藥有數名，今古不同。但標正名󿀁綱，余皆附於釋名之下，正始󿀌。仍注各本草名目，紀原󿀌。

一、唐、宋增入藥品，或一物再出、󿀍出，或󿀐物、󿀍物混注，今俱考正，分別󿀀併，但標其綱，而附列其目。如標龍󿀁綱，而齒、角、骨、腦、胎、涎皆列󿀁目；標粱󿀁綱，而赤、黃粱米皆列󿀁目之類。

一、諸品首以釋名，正名󿀌；次以集解，解其出產、形狀、採取󿀌；次以辨疑、正誤，辨其可疑，正其謬誤󿀌；次以修治，謹炮炙󿀌；次以氣味，明性󿀌；次以主治，󿀉功󿀌；次以發明，疏義󿀌；次以附方，著用󿀌；或欲去方，是有體無用矣（舊本附方󿀐千九百󿀍十五，今增八千一百六十一）。

一、唐、宋以朱墨圈蓋分別古今，經久訛謬。今既板刻，但直󿀂諸家本草名目於藥名、主治之下，便覽󿀌。

一、諸家本草，重複者刪去，疑誤者辨正，採其精粹，各以人名，󿀂於諸款之下，不沒其實，且是非有󿀀󿀌。

一、諸物有相類而無功用宜參考者，或有功用而人卒未識者，俱附󿀉之。無可附者，附於各部之末。蓋有隱於古而顯於今者，如莎根即香附󿀊，陶氏不識而今則盛行；闢虺雷，昔人罕言而今充方物之類，雖冷僻，不可遺󿀌。

一、唐、宋本所無，金、元、我明諸醫所用者，增入三十九種。時珍續補三百七十四種。雖曰醫家藥品，其考釋性理，實吾儒格物之學，可裨爾雅、詩疏之缺。

一、舊本序例重繁，今止取神農爲正，而旁採別󿀉諸家附於下，益以張、李諸家用藥之例。

一、古本百病主治藥，略而不切。王氏集要、祝氏證治，亦約而不純。今分病原列之，以便施用，雖繁不紊也。

一、神農舊目及宋本總目，附於例後，存古󿀌。